菊池地方をおさめた豪族・菊池氏の第20代為邦公が、家督を嫡子に譲った後に隠居所として移り住んだ場所で、後に和尚を招いて寺としたのが碧巖寺です。為邦公はここに学問所も開き、家臣たちが学んだとも伝えられています。自然に囲まれた庭園には清水が引かれた池もあり、静寂に包まれた心落ち着く場所となっています。